Ban đầu, Daft Punk dự định phát hành mỗi bài hát trên Discovery dưới dạng đĩa đơn, theo Orla Lee-Fisher, người đứng đầu bộ phận marketing của Virgin Records Vuơng Quốc Anh vào thời điểm đó, mặc dù kế hoạch này cuối cùng đã bị gác lại.[30] "One More Time" được phát hành vào năm 2000, trước khi phát hành album, với các đĩa đơn của "Aerodynamic", "Digital Love", "Harder, Better, Faster, Stronger", "Something About Us" và "Face to Face" ra mắt sau đó.

Ý tưởng cho các video âm nhạc của album được hình thành trong những buổi thu âm Discovery đầu tiên.[13] Theo Todd Edwards, album ban đầu được dự định đi kèm với "một bộ phim người đóng với mỗi bài hát là một phần của bộ phim". Thay vào đó, ban nhạc quyết định tập trung vào sản xuất anime.[30] Ý tưởng của Daft Punk cho bộ phim liên quan đến sự hợp nhất của khoa học viễn tưởng với văn hóa công nghiệp giải trí. Bộ đôi nhớ lại đã xem các bộ phim anime Nhật Bản khi còn nhỏ, bao gồm cả những bộ phim yêu thích như Thuyền trưởng Harlock, Grendizer và Candy Candy. Cả ba người đã mang cuốn album và kịch bản đã hoàn thành đến Tokyo với hy vọng tạo ra bộ phim với người anh hùng thời thơ ấu của họ, Leiji Matsumoto, người đã tạo ra Thuyền trưởng Harlock. Sau khi Matsumoto gia nhập đội với tư cách giám sát hình ảnh, Shinji Shimizu đã được liên hệ để sản xuất hình ảnh và Kazuhisa Takenouchi để đạo diễn bộ phim. Với sự điều phối dịch thuật của Tamiyuki "Spike" Sugiyama, quá trình sản xuất bắt đầu vào tháng 10 năm 2000 và kết thúc vào tháng 4 năm 2003. Kết quả của sự hợp tác là bộ phim Interstella 5555: The 5tory of the 5ecret 5tar 5ystem lấy toàn bộ Discovery làm nhạc phim.[31]

Daft Punk đã khoác lên trang phục robot trước khi Discovery phát hành. Nhóm nói với báo chí rằng họ đang làm việc trong phòng thu của họ lúc 9:09 sáng ngày 9 tháng 9 năm 1999, khi bộ lấy sample của họ phát nổ. Họ phải trải qua cuộc phẫu thuật tái tạo, và khi tỉnh lại, họ nhận ra mình đã trở thành người máy.[2][13]

Không lâu trước khi phát hành album, nhóm đã ra mắt Daft Club, một trang web cung cấp các bản nhạc và những phần độc quyền khác. Mỗi CD của Discovery đều có thẻ thành viên Daft Club với một mã số duy nhất cung cấp quyền truy cập được cá nhân hóa vào trang web.[2] Bangalter cho biết đây là "cách chúng tôi thưởng cho những người mua CD".[23] Dịch vụ do trang này cung cấp đã kết thúc vào năm 2003; hầu hết các bài hát sau đó được tổng hợp thành album phối lại Daft Club.[13]